Area 51 là một hit lớn trong các game arcade, bán hơn 20.000 thùng máy.[7] Nó được trích dẫn là bước đầu tiên trong sự trở lại của Atari Games, đã đưa công ty từ bờ vực sụp đổ tài chính trở thành một thế lực lớn trong ngành công nghiệp arcade chỉ sau hơn một năm.[23] Giám đốc sản xuất Mark Pierce nhớ lại rằng các phiên bản gia đình có doanh số trên mức trung bình theo tiêu chuẩn của game súng nhẹ console (thường không bán được như các bản port arcade khác, vì người chơi không thể có được trải nghiệm đầy đủ nếu không mua súng nhẹ cho console).[6]

Đánh giá của Next Generation về phiên bản arcade nói rằng "Area 51 cung cấp cho các game bắn súng những gì họ muốn", đặc biệt là các màn chơi tối tăm và đa dạng, khung cảnh thực tế và được sắp xếp theo mức độ tăng dần, chủ đề câu chuyện hấp dẫn và power-up thú vị. Mặc dù vậy, nhà phê bình đã kết luận rằng trò chơi "vị thế tốt hơn trước các game bắn súng trong quá khứ như Virtua Cop 1 và Mad Dog McCree, chứ không phải vụ mùa hiện tại."[19] Trò chơi chiếm vị trí số một trong biểu đồ tháng 12 năm 1995 "Player's Choice" của RePlay Magazine.[24]

Bản port Saturn nhận được đánh giá trung bình. Giới phê bình thường nhận xét rằng trò chơi này rất thú vị theo cách riêng của nó nhưng không thể sánh nổi với Virtua Cop 2, được phát hành cho Saturn cùng một lúc.[16][18][22][25] Đồ họa nhận được nhiều nhận xét trái chiều do độ sắc nét của FMV và sự hiện diện của viền màn hình,[16][18][22][25] và giống như hầu hết các game súng nhẹ trên console, nó bị chỉ trích là có tuổi thọ rất thấp.[16][18][22][25] Bốn nhà phê bình của Electronic Gaming Monthly cũng nhận thấy trò chơi quá dễ dàng, mặc dù họ ca ngợi việc giữ lại tất cả các phòng bí mật từ phiên bản arcade.[16] Lee Nutter đã tóm lược trên tờ Sega Saturn Magazine, "Khi shoot 'em up trong Area 51 không phải là một nỗ lực tồi, nhưng bị dòng game [Virtua] Cop vượt hẳn theo mọi cách có thể hiểu được."[22] GamePro đã cho Area 51 một trong những đánh giá tích cực hơn, ca ngợi tốc độ điên cuồng của nó và kết luận, "Hành động nóng bỏng của Area 51 dễ dàng khắc phục sai sót khá lớn của nó. Đó là điều cần thiết cho các game bắn súng đến cùng và là thuê mướn tuyệt vời cho mọi người khác."[25] Jeff Kitts của GameSpot gọi nó là "một game bắn súng topnotch". Không giống như những người đánh giá khác, anh nhận thấy thử thách và nhiều cấp độ khó của trò chơi mang lại cho nó đủ tuổi thọ và được coi là đồ họa "tuyệt vời", trích dẫn hành động liên tục và phát triển cốt truyện diễn ra trong bối cảnh đậm chất chủ nghĩa tranh mô phỏng ảnh chụp.[17] Trong bài đánh giá năm 1998 về phiên bản Saturn, IGN, trong khi nhận xét rằng trò chơi thiếu đủ thời gian chơi hoặc bổ sung để tồn tại lâu và không với tới Virtua Cop 2, thấy đây là một trải nghiệm thú vị và được thiết kế tốt ở cả phần chơi đơn và hai người chơi.[18]

Steve Bauman của tờ Computer Games Magazine đã cho phiên bản PC hai trong số năm sao và viết, "Đây là một ví dụ hoàn hảo tại sao bạn không chuyển đổi một số trò chơi arcade sang PC." Bauman gọi game "lặp đi lặp lại và nhàm chán" vì thiếu súng nhẹ của phiên bản arcade.[21] Phiên bản PlayStation phần lớn bị các nhà phê bình đương đại bỏ qua. Một nhà phê bình Next Generation đã chỉ trích việc chuyển đổi, nhưng chủ yếu nhấn mạnh rằng Area 51 là một game console năm 1997 thiếu sự phấn khích, nó đã trở thành một game arcade vào năm 1995. Tuy nhiên, ông lại ca ngợi hiệu ứng âm nhạc và âm thanh của game.[20]

Trong một bài đánh giá hồi tưởng quá khứ về phiên bản arcade, Brad Cook của AllGame đã viết, "Trò chơi này không chỉ thú vị mà còn không khó lắm. [...] Đồ họa được thực hiện rất tốt và tốc độ rất nhanh." Ông cũng ca ngợi cốt truyện, mục chơi attract và bối cảnh đa dạng.[12] Anthony Baize của AllGame gọi phiên bản PlayStation là "rất thú vị." Baize nhận xét rằng mặc dù đồ họa không tốt bằng phiên bản arcade, nhưng chúng vẫn rất tốt và việc tiếp tục không giới hạn mang lại lợi thế cho phiên bản arcade.[13] AllGame đã ca ngợi âm nhạc và âm thanh của phiên bản Saturn và khuyến nghị người chơi nên sử dụng súng nhẹ thay vì joypad. AllGame cũng viết rằng đồ họa, "Không sắc nét như phiên bản PS và PC nhưng tốt cho Saturn."[14] Năm 2001, Stephen Fulljames của Computer and Video Games đã xem xét phiên bản PlayStation và viết rằng nó "chơi như thể đó là trên hồng tâm - môi trường được kết xuất sẵn cung cấp một môi trường hoàn toàn có thể dự đoán được. Chúng tôi thách thức bất kỳ ai không được buồn chán trong vòng một tuần."[15]